指纹识别与其它生物识别的不同点主要体现在以下几个方面：
1. 指纹识别的平均准确率高
理论上全世界没有完全相同的两枚指纹。但因为算法与采集设备的局限，指纹识别的失误率目前约为百万分之一。这在所有生物识别技术中，仅次于虹膜识别技术。由于虹膜识别的设备目前在市场比较少见，使用并不普遍，与指纹识别设备比较起来，约为其二十分之一的市场份额。所以指纹识别在实际使用中，仍是准确性最高的技术。准确性排在指纹识别之后的是脸形识别技术。
2. 指纹采集设备成本较低
指纹采集设备的成本，在所有生物特征采集设备成本中不是最高的，也不是最低的。构成最简单的指纹识别设备－指纹采集仪，其成本目前已经低至不到400元人民币。这对于指纹识别技术的普及使用是一个可以接受并且有推动力的价格。采集设备成本最低的当属脸形采集设备。一套最简单的脸形采集设备，只需要一个30万象素以上的数码摄像头，这在市场售价不过50元人民币。采集设备成本最高应该算是虹膜、视网膜采集设备，其价格大约在两万元人民币以上。
3. 使用者的接受程度高
这主要体现在使用人对生物识别系统在健康和安全方面的考虑和担忧不同。手指是人们日常生活和工作使用最频繁的人体器官之一，与身体外界的物体直接接触最多。而对虹膜和视网膜识别，因为眼睛的敏感性、重要性，以及脆弱性，人们在心理上比较难以接受外界设备的刺激，不管这种刺激是否在当时会带来影响。所以让人把眼睛对准一台设备进行接受光线或者其它方式的照射和扫描，多少会有些被侵犯的感觉，除非是万不得已，一般情况下不大愿意接受。所以，指纹和掌形、脸形识别一样，属于容易被人接受的一种生物识别方式。
4. 能够适应的应用场景不同
虽然指纹识别和其它基于生理特征的生物识别技术一样，可以用于通道控制，但相对来说，指纹识别技术的应用场景更加广泛。这是由其设备体积小所决定的。目前全球最小的指纹采集器件为Authentec公司生产的EntrePad1610指纹采集芯片，仅为12 × 5mm,厚度为1.2或1.96mm。
图: Authentec EntrePad1610指纹芯片
这样小的体积，可以使它被应用于小到手机、PDA上，大到指纹门禁门锁上等各种电子类产品上。而掌形识别、虹膜识别，则几乎无法与它比拟。同时因为指纹采集设备可以感知手指的不同动作，如手指移动方向、指纹单击双击等，使它可以被用于替换部分需要手指操作控制面板，如笔记本电脑上的触摸板、手机上的方向键等，甚至可以用不同手指表示不同的快捷操作键。另外，基于手指的数目相对脸形、虹膜、掌形等较多，可以实现非常有意义的逻辑组合控制。比如，对于非常重要的应用场合，可以使用多指认证、多指有序控制等，以实现更为安全的指纹认证。
5. 产业化程度不同
在目前所有的生物识别技术中，指纹识别技术是产业化程度最高的。这不仅是因为指纹识别技术有着悠久的发展历史和研究过程，同时，也因为指纹识别技术的可接受性促使了其被人们不断的关注、研究、改进和产品化。全球来看，指纹识别占整个生物识别市场的将近50%的市场份额。有超过几千家的指纹识别厂商生产数百种以上的指纹识别产品。而其它生物识别技术厂商不足其十分之一。
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